Жеребьевка этих стадий еврокубка начнется шестого июля в 14:00 по центральноевропейскому времени в штаб-квартире УЕФА в Ньоне.

Действующий чемпион «Бенфика», а также «ВИЗ-Синара», «Мурсия» и «Кайрат» на правах сеяных команд получили пропуск сразу в элитный раунд, тогда как оставшиеся 44 клуба вступят в борьбу раньше. Для 17 команд включая победителя Кубка УЕФА-2004/05 «Аксьон-21» и бронзового призера прошлого розыгрыша «Араза» турнир стартует с основного раунда. Его участники будут разбиты на шесть групп, матчи которых пройдут с 25 сентября по 3 октября. Хозяевами мини-турниров станут «Хрудим» (Чехия), «Тайм» (Украина), «Братислава» (Словакия), «Монтезильвано» (Италия), «Экономац» (Сербия), «Тыргу-Муреш» (Румыния).

В основной раунд также попадут победители семи групп предварительного раунда, который продлится с 14 по 22 августа. Все 27 его участников будут поделены на шесть квартетов, а еще в одной группе борьбу поведут три команды. На этом этапе хозяевами мини-турнира будут «Наутара» (Литва), «Дьор» (Венгрия), «Арарат» Никосия (Кипр), «Стелла Росса» (Австрия), «Железарец» (БЮР Македония), «Эксесс» (Мальта) и «Кефлавик» (Исландия). Окончательный список участников, сеяных команд, а также расписание жеребьевок будут оглашены по окончании всех чемпионатов.