Воспитанник алматинского футбола 24-летний Марат Шахметов свой 150-й матч в казахстанской премьер-лиге отметил победным голом в ворота усть-каменогорского «Востока».

Дебют Марата Шахметова состоялся 18 июня 2006 года в Алматы, на «Центральном» в матче 12-го тура «Алма-Ата» принимала павлодарский «Энергетик» (0:1). Марат на 84-й минуте вышел на замену вместо Андрея Травина.

Всего же за «Алма-Ату» в течение трёх сезонов провел 55 матчей, забил 3 мяча. Затем перешёл в столичный клуб, в составе которого отыграл 95 матчей, забил 7 мячей.

Является серебряным призером чемпионата Казахстана 2009 года, двукратным обладателем Кубка Казахстана (2010 и 2012 гг.), обладателем Суперкубка Казахстана 2011 года. В составе молодежной сборной Казахстана (U-21) в двух отборочных циклах сыграл 10 матчей, являлся капитаном команды.