В статусе команды мастеров футбольная дружина из Клайпеды появилась на свет на пять лет позже карагандинских горняков — в 1963 году. Тогда она получила название «Гранитас», под которым и дебютировала в футбольном чемпионате СССР. До 1970 года литовский коллектив выступал в классе Б этого турнира. В том сезоне он был принят под опеку рыболовного флота Литовской ССР, вместе с чем получил место во 2 лиге союзного чемпионата и сменил название на «Атлантас» — нужно помнить, что Клайпеда является портовым городом Балтийского моря, которое входит в бассейн Атлантического океана.

Наибольшего успеха в чемпионатах СССР «Атлантас» добился в 1985 году, когда выиграл соревнование в своей зоне 2 лиги и стал лучшим в переходном турнире, поднявшись в более высокий дивизион. Правда, в 1 лиге дела у литовской дружины не задались, и, заняв в 1986 году в этом турнире предпоследнее место, футболисты Клайпеды вернулись на прежний уровень. Но именно в том сезоне состоялось очное знакомство «Атлантаса» и карагандинского «Шахтера». Эти команды встретились на стадии 1/64 финала Кубка СССР в Караганде, и выступавшие более низком дивизионе казахстанские горняки сумели тогда одержать минимальную победу над соперником с более высоким статусом.

С 1987 по 1989 «Атлантас» вновь выступал во 2 лиге. Команда дважды была близка к повторению своего успеха 1985 года, однако оба раза сделать это ей так и не удалось.

А в 1990 году, как известно, все литовские футбольные клубы вышли из состава участников чемпионата СССР. Одновременно с этим событием рыболовный флот Литвы отказался поддерживать «Атлантас», в результате почти все игроки этой дружины перебрались в ряды другого клуба из Клайпеды — «Сириюса». И именно эта команда выиграла первый национальный футбольный чемпионат Литвы и первый Кубок страны. «Атлантас» же на время вернулся к своему первоначальному названию «Гранитас».

В 1993 году нынешние соперники карагандинской дружины начали выступать под эгидой полиции, вследствие чего приняли наименование «Арас». Впрочем, это продолжалось не так уж и долго. Скоро клуб остается без финансирования — точно так же, как и другая команда Клайпеды «Сириюс». При поддержке городских властей было в итоге решено оставить только один клуб и дать ему имя «Атлантас». С конца 90-х над этим ФК взяли шефство частные службы безопасности Литвы.

Постепенно команда Клайпеды вернула себе одни из лидирующих позиций в стране, несколько раз поучаствовав в розыгрышах Кубка Интертото и Кубка УЕФА. Однако 20 марта 2009 года клуб был лишен места в А лиге чемпионата Литвы и отправлен во 2 лигу. В первом же сезоне там «Атлантас» выиграл турнир и вышел в 1 лигу. В сезоне 2010 команда заняла 7 место в этом дивизионе, однако все равно получила право вернуться в элитный эшелон литовского футбола.

«Атлантас» трижды выигрывал серебряные награды чемпионата Литвы, столько же раз поднимался на третью ступень пьедестала почета турнира. Но чемпионство команде из Клайпеды не покорилось ни разу. В активе «атлантов» также два выигранных литовских Кубка.

Что касается еврокубкового опыта команды из Клайпеды, то все ее выступления на евроарене до сегодняшнего дня пришлись на 2000/2005 годы, когда «Атлантас» четырежды стартовал в розыгрыше Кубка УЕФА и дважды — в Кубке Интертото. Именно в этом соревновании литовцы в дебютный свой сезон в еврокубках в 2000 году единственный раз прошли первый квалификационный раунд. Тогда соперником «атлантов» стал турецкий «Коджаелиспор». Оппоненты обменялись домашними победами в основное время со счетом 1:0, однако в серии послематчевых 11-метровых штрафных ударов по итогам повторного поединка сильнее оказались литовцы — 5:3. Впрочем, на следующем этапе соревнования «Атлантас» дважды уступил английскому «Брэдфорд Сити» — 1:3 и 1:4.

В следующем сезоне соперники нашего «Шахтера» стартовали в квалификации Кубка УЕФА, где тут же нещадно были биты «Рапидом» из Бухареста — 0:4 и 0:8. Через год в том же турнире против болгарского «Литекса» «Атлантас» выглядел уже немного увереннее — 0:5 и 1:3. В квалификации Кубка УЕФА-2003/2004 команда Клайпеды уступила польской «Дискоболии» — 0:2 и 1:4. Достойно литовцы сыграли в 2004 году в Кубке Интертото с московским «Спартаком» — 0:2 и 1:0. Ну, а последнее до текущего сезона выступление «Атлантаса» на евроарене пришлось на 2005 год, когда команда Литвы уступила «Рилу» из Северного Уэльса за счет меньшего количества забитых на выезде мячей — 1:2 и 3:2. Думается, останавливаться на играх литовцев с соперниками из Люксембурга в первом раунде квалификации Лиги Европы этого сезона особой нужды нет.

В настоящее время наставником «Атлантаса» является известный российский футбольный агент, функционер и тренер Константин Сарсания, принявший бразды правления литовской дружиной с началом 2013 года у француза Себастьена Роке. Интересно, что сразу два помощника главного тренера команды из Клайпеды имеют непосредственное отношение к карагандинскому «Шахтеру». Известный в прошлом форвард национальной сборной Литвы Римантас Жвингилас выступал за казахстанских горняков в 2003 году, когда в их составе в чемпионате РК провел 17 матчей и забил 2 мяча. А вот Владимир Тункин вообще является воспитанником темиртауского футбола, и одевал футболку карагандинского клуба в сезонах 1985, 1991/1992, 1995/1996 годов, в общей сложности отыграв за «Шахтер» в чемпионатах страны 53 матча и забив 3 мяча.

В разные годы в составе «Атлантаса» на поле выходили знакомые нам по выступлениям в чемпионатах суверенного Казахстана футболисты Боян Мамич, Симас Скиндерис, нынешний игрок «Жетысу» Тарас Данилюк, а вот Римантас Жвингилас и Евгений Поляков играли и за команду из Клайпеды, и за карагандинский «Шахтер».

В нынешнем составе «Атлантаса» выступают три легионера — латвийский защитник Антон Емелин и два российских хавбека Юрий Кириллов и Максим Максимов. При этом в 2014 году в состав национальной сборной Литвы ее наставником Игорем Панкратьевым из игроков клайпедской дружины вызывался только 28-летний хавбек Андрюс Барткус, хотя в ее футболках, скажем, играют сейчас такие достаточно известные литовские футболисты, как опытнейший Андрюс Йокшас, Марюс Казлаускас, Донатас Казлаускас, Эвальдас Разулис, Тадас Элиошюс.

Что ж, «Атлантас» — соперник вполне интересный, но, стоит признать, не такой уж и грозный. Если игроки нашего «Шахтера» не потеряют концентрации, их проход в следующий раунд квалификации Лиги Европы ждать себя заставить особо не должен.