По сравнению с первым матчем в Клайпеде, завершившимся нулевой ничьей, стартовые составы обеих команд не претерпели изменений. Обе команды были настроены показать свой лучший футбол.

Горняки с первых минут пошли вперед, однако до ударов в створ не доходило впредь до седьмой минуты, когда после розыгрыша штрафного дальний удар нанес Андрюс Йокшас, который пришелся в руки голкиперу горняков Александру Мокину. Спустя некоторое время «Шахтер» предпринял еще одну попытку штурма ворот Мантаса Галдикаса, которая закончилась весьма опасным моментом, но, ни один из игроков казахстанской команды после борьбы в штрафной площади гостей не смог довести эпизод до завершения.

Игроки «Шахтера» продолжали время от времени трепать нервы защитникам и голкиперу «Атлантаса», атакуя и пользуясь розыгрышами стандартов. На 30 минуте Никола Покривач удачно подключился к атаке и приняв передачу Андрея Финонченко, пробил по воротам — удар хорвата пришелся выше ворот. Литовские футболисты отвечали реже, но временами не менее опасно. Под занавес первого тайма Финонченко вышел один на один с Галдикасом, пробив вблизи ворот — мяч, попав во вратаря, ушел на угловой. Итогом первого тайма стала безголевая ничья, при игровом преимуществе карагандинцев.

На старте второго тайма «Шахтер» получил право на угловой. К флажку отправился Финонченко, отправивший мяч в штрафную площадь, где быстрее всех оказался Михрет Топчагич, поразивший ворота «Атлантаса» после неудачной игры голкипера — 1:0.

На 57 минуте Александр Киров отправил в ворота Галдикаса второй мяч, который был отменен лайнсменом, усмотревшим в эпизоде положение «вне игры». Спустя несколько минут горняки все же удвоили преимущество благодаря удачному выходу тет-а-тет с голкипером Улана Конысбаева, направившего снаряд в дальний угол ворот — 2:0.

Второй гол значительно придал уверенности хозяевам, которые весь остаток матча продолжали прессинговать соперника и создавать моменты, с которыми литовцам удавалось справиться до последней минуты основного времени, когда вышедший на замену Роман Муртазаев установил окончательный счет в матче. 

Финальный свисток зафиксировал уверенную победу «Шахтера» со счетом 3:0, проложившую для горняков путь в следующий отборочный этап второго по значимости клубного турнира Европы.

В третьем раунде квалификации Лиги Европы «Шахтер» встретится с победителем пары «Хайдук» (Хорватия) — «Дандолк» (Ирландия). Первый матч пройдет в Караганде.

«Шахтер» — «Атлантас» 3:0 (0:0) 
Голы: Топчагич 46 (1:0), Конысбаев 61 (2:0), Муртазаев 93 (3:0)
Предупреждения: Конысбаев 53, Симчевич 56, Топчагич 68 — Жукаускас 36, Д. Казлаускас 53, Гнедоюс 55
«Шахтер»: Мокин, Джидич, Малый, Масло, Симчевич, Вичюс, Конысбаев, Покривач (Байжанов 68), Киров, Топчагич (Мурзоев 84), Финонченко (Муртазаев 89)
«Атлантас»: Галдикас, Йокшас, Гнедос, Емелин, М. Казлаускас, Барткус, Д. Казлаускас, Папшис, Жукаускас (Ракаускас 80), Элиошюс (Максимов 62), Крушнаускас (Баранаускас 72)
Главный судья: Дмитрий Мунтян (Молдавия)
24 июля. Караганда. «Шахтер». 

Владение мячом: 54% — 46%
Удары по воротам: 23 — 15
Удары в створ: 6 — 4
Фолы: 18 — 18
Перекладины и штанги: 0 — 0
Офсайды: 4 — 0
Угловые: 6 — 4
Желтые карточки: 3 — 3
Замены: 3 — 3.